La Cité musicale-Metz est le fruit du rapprochement de deux structures juridiques distinctes : le syndicat mixte Orchestre national de Metz Grand Est et l’établissement public de coopération culturelle Metz en Scènes, fondé en 2009, dont les activités se développent dans trois salles : l’Arsenal, la BAM et les Trinitaires.
Ces deux établissements sont administrés par un Comité syndical (Orchestre national de Metz Grand Est) et un Conseil d’administration (EPCC Metz en Scènes) dont les membres sont issus de la Ville de Metz et de la Région Grand Est comme membres fondateurs, de l'Eurométropole de Metz et de personnalités qualifiées. Le Ministère de la Culture (DRAC Grand Est) soutient financièrement les deux établissements.